褚蒜子这下乱了方寸,只能说道:“一切但凭大司马处理吧。”桓温遂让褚蒜子下诏废司马奕为东海王,另立相王司马昱为帝,是为简文帝,改元咸安。百官平素眼红桓温,可如今要站出来反对桓温此举的却无一人。桓温废掉司马奕后,又把他的三个儿子杀掉,相龙、计好、朱灵宝也被满门抄斩。司马奕被强迫离开都城,迁到吴县西柴里居住。司马奕害怕桓温暗害自己,竟然不敢让自己的妻妾怀孕,每日只是饮酒睡觉,忍辱求生。
简文帝继位不久,便进封桓温为丞相,留其在京师辅政。桓温辞让不受,率军返回白石,还镇姑孰,留郗超在京把持朝政。
但是,皇位的更迭总要引发一些人内心不安的心思,为此,桓温开始对朝野进行新一轮的整顿。从前的桓温只有受气的份儿,可现在是建康城中的官吏只有受气的份儿;从前的桓温从来不把屠刀伸向朝臣,即使是如殷中军之流他也网开一面,可现在的桓温却手执钢刀,杀尽忤逆之人。