褚蒜子这下乱了方寸，只能说道：“一切但凭大司马处理吧。”桓温遂让褚蒜子下诏废司马奕为东海王，另立相王司马昱为帝，是为简文帝，改元咸安。百官平素眼红桓温，可如今要站出来反对桓温此举的却无一人。桓温废掉司马奕后，又把他的三个儿子杀掉，相龙、计好、朱灵宝也被满门抄斩。司马奕被强迫离开都城，迁到吴县西柴里居住。司马奕害怕桓温暗害自己，竟然不敢让自己的妻妾怀孕，每日只是饮酒睡觉，忍辱求生。
简文帝继位不久，便进封桓温为丞相，留其在京师辅政。桓温辞让不受，率军返回白石，还镇姑孰，留郗超在京把持朝政。
但是，皇位的更迭总要引发一些人内心不安的心思，为此，桓温开始对朝野进行新一轮的整顿。从前的桓温只有受气的份儿，可现在是建康城中的官吏只有受气的份儿；从前的桓温从来不把屠刀伸向朝臣，即使是如殷中军之流他也网开一面，可现在的桓温却手执钢刀，杀尽忤逆之人。